Mhh wenn du das Betriebsystem installierst, wird doch eigentlich nochmal formatiert, oder? Zumindest bei Windoof. Daher denke ich, ist das kein Problem. Einfach munter drauf. 
In der Eingabeaufforderung (CMD) gebe format D: /u ein.
D: ist die Partition die du formatieren willst,
D kannst du aber auch in E usw. umändern,
Jetzt dürfte nichts mehr drauf sein außer der Ordner "System Volume Information"
Das ist ein Windows Ordner der fast nicht gelöscht werden kann!
Er sichert Systemwiederherstellungspunkte das kannst du auch Abschalten!
Start, Alle Programme, Zubehör, Systemprogramme, Systemwiederherstellung, Systemwiederherstellungseigenschaften.
Dort musst du bei der Partition die überwachung ausschalten,
dann noch mal Formatieren jetzt dürfte nix mehr drauf sein,
auch keine Versteckten Ordner, wenn doch sind nur welche vom System!!!
Nicht drüber aufregen, nichts schlimmes!!! 
