Das hängt von der erwarteten Eingabe ab
Du musst sicher gehen, dass die empfangenen Daten den Erwartungen entsprechen.
Wenn z.Bsp. über ein Formular eine versteckte ID mitgegeben wird, prüft
ob es sich tatsächlich um eine Zahl handelt etc.
Man kann zwar für einige Bereiche generelle Prüfschritte vorgeben, z.Bsp. mysql_real_escape_string() bei weitergabe der Nutzerdaten an deine Datenbank, aber weitestgehend hängt es von oben erwähntem ab.
Sei kreativ