http://typo3-blog.net/tutorials/news/jquery-height.html
Hat man jedoch die Höhe eines HTML-Elements nicht hardkodiert gesetzt, so gibt der Internetexplorer "auto" anstelle einer Zahl zurück. Auf die eingebaute Höhenfunktion zur ermittelung der Höhe eines HTML Element in jQuery zurückzugreifen ist daher sinnvoll. Zusätzlich gibt es auch noch die Funktionen innerHeight() Das ist die Höhe eines Elements mit Padding aber ohne Rahmen und outerHeight() welche den Rahmen mit einschließt. Mit outerHeight(true) kann man sogar die Höhe eines Elementes inklusive des Margins testen.
Je nachdem wie du die Höhe brauchst nimmst du die entsprechende Funktion, den Rückgabewert musst du natürlich zwischenspeichern um ihn danach setzen zu können.
Beim setzen des top-Wertes für ul#footerNavi nimmst du dann halt einfach den zwischengespeicherten Wert, statt 5px hardcoded.
okay wie ich das theoretisch mache muss weiß ich ja auch aber ich habe leider nicht herausgefunde wie ich es praktisch umsetzen kann 
???
Du hast in deinem Code doch schon alles was du brauchst, du mußt nur die Rückgabe von height() speichern und dann für den top-Abstand diesen zwischengespeicherten Wert nehmen. Wenn dich das ablegen eines Wertes in eine Variable überfordert, kann ich dir ganz ehrlich nur dringend ein Grundlagen-Tutorial ans Herz legen, das ist ja nun wirklich absolutes Basiswissen.
myHeight = $(".leftNavi").height();
$("ul#footerNavi").css({'position': 'absolute', 'top': myHeight});