MySQL rechnet definitiv schneller als PHP, das hast du richtig gehört. Sämtliche Aufgaben die von der DB erledigt werden können sollte man auch ihr überlassen.
Deine Stored Procedures sind so lange aktiv wie du sie nicht wieder löschst (wie auch deine Tabellen). Die müssen nach einem Serverneustart nicht neu angelegt werden.
Für regelmäßige Skript-Aufrufe sind nunmal Cronjobs gedacht. Wieso willst du die nicht nutzen?
Ich wüßte spontan keine Alternative um SQL-Scripts regelmäßig laufen zu lassen, außer den Sachen die du ausschließen möchtest.
Zu den Engines:
In Punkto Transaktionen ist zur Zeit InnoDB am stabilsten und am besten integriert. Bietet auch Row-Level-Locking wenn ein Mix aus Operationen nebenläufig ausgeführt werden muss.
Für Tabellen auf die hauptsächlich SELECTs und INSERTs ausgeführt werden ist MyISAM eine gute Wahl.
Heap (Memory-Engine) sollte nur für Tabellen verwendet werden, deren Inhalte sich nicht ändern (z.B. PLZ-Lookups) oder bei denen es egal ist wenn die Inhalte bei einem Server-Neustart verloren gehen. Die Tabellenstruktur bleibt beim Neustart erhalten, aber die Daten sind weg und müssen danach eben neu eingespielt werden. Heap bietet keine Text-/Blob-Felder und unterstützt nur Zeilen fester Größe. Man muss also beispielsweise statt VARCHAR dann CHAR verwenden, was je nach Inhalten eine gewisse Speicherverschwendung darstellt.
Bevor du dich für eine Engine entscheidest solltest du dir auf jedenfall über die Tabellenstrukturen im Klaren sein und wie diese Tabellen verwendet werden.
Wichtig ist für die Performance auch das vernünftige setzen von Indices, große Tabellen zu partitionieren kann auch viel ausmachen.
Dann halt noch so Kleinigkeiten wie richtige Wahl der Feldtypen, z.B. die SQL-Feldtypen zur Speicherung von Zeit und Datum verwenden, für Strings die immer eine (nahezu) gleiche Länge haben Feldtyp CHAR statt VARCHAR verwenden, keine NULL-Werte erlauben (es sei denn sie werden wirklich explizit benötigt, sonst lieber leeren String oder 0 speichern).
Kann sich auch alles noch läppern. 