Wenn ich es richtig verstanden habe, hast du dann ein Problem mit deinen Links.
Dazu gibt es glaube ich 2 Möglichkeiten.
1) Du musst zu einer komplett neuen Seite verlinken, die wieder aus Tabelle mit Navigation und allem drum und dran besteht, allerdings wird es dann mit Countern problematisch, falls du sowas hast und evtl. vorhandene Bilder in der Navigation müssen jedesmal neu geladen werden.
2) in php gibt es eine include-Funktion, damit müsste es analog zu den Framesets funktionieren. Allerdings kenne ich mich mit php nicht gut genug aus um dir das jetzt zu erklären.