Naja, in dem Tut steht am Anfang jeden Kapitels immer, dass man das gesamte Tutorial lesen solle. Da dies aber ziemllich lang ist und ich auch einige Sachen übersprungen habe kann ich es ja einmal erklären.
Weiter vorne im Tutorial wird ein Allgemeiner Seitenaufbau beschrieben (Kap. 26).
Dieser Seitenaufbau ist so konzipiert, dass immer nur index.php aufgerufen wird. Und um zum Beispiel ins Gästebuch zu kommen verlinkt man einfach auf index.php?section=gaestebuch. In der index-Datei wird dann zuerst alles rundherum erzeugt (Banner, Menü) und dann wird je nachdem, welcher Wert in $_GET['section'] drinsteht eine weitere PHP-Datei included. In diesem Fall gb.php.
Also es funktioniert bei dir auch ohne index.php, man hat halt bloss kein Menü.
Die Verlinkung bei dir dürfte eigentlich auch so hinhauen.
Das Array, welches du am Ende ansprichst brauchst du nicht, denn in dem steht nur drinne, welche Seite bei dem jeweiligen section-Parameter aufgerufen werden soll. Insgesamt hast du dir eigentlich etwas Arbeit gespart, denn du musst nicht die index.php erstellen und auch nicht das besprochene Array (aber soetwas ist ja nicht die Welt ;)).